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鉴定意见有异议时的处理如下：
1.可以坚持申请重新鉴定：为了使司法鉴定结果更加公正、对自己更加有利，当事人在申请重新鉴定时不仅要单纯地提出申请，还要准备充分合理的理由，要尽量搜集证据，对鉴定结论提出充分异议，
2.可以向司法行政机关投诉：如果当事人有足够证据证明司法鉴定期间司法鉴定机构违法违纪，则可以向省级司法行政部门投诉，司法行政部门可以调查、处理其违法行为，从而使原鉴定结论作废或被撤销。
3.搜集证据推翻司法鉴定结果：有效的鉴定意见是基于检材真实、完整、充分、合法的基础之上的。因此，如果当事人发现司法鉴定结论缺乏真实性，可以积极搜集证据，推翻司法鉴定结论。
二、司法鉴定人员应当按照相应的程序进行鉴定，司法鉴定的原则包括：司法鉴定合法性原则、司法鉴定独立性原则、司法鉴定客观性原则、司法鉴定公正性原则。司法鉴定是指在诉讼活动中鉴定人运用科学技术或者专门知识对诉讼涉及的专门性问题进行鉴别和判断并提供鉴定意见的活动。
三、鉴定意见属于言辞证据。鉴定意见是指专业的鉴定人员运用知识对案件中某些专门性问题发表自己的意见，由于鉴定意见要形成书面的文件，因此属于言辞证据，鉴定意见受到鉴定人主观方面的影响，因此其客观性并没有实物证据强。找法网提醒您，鉴定意见一般是在案件发生之后产生的，而不是在案件发生之时产生的。
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